부가세 매입세액, 어떤 항목이 공제 안 되나요?

부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 빼고 남은 금액을 내는 구조라, 사업하며 부담한 부가세는 원칙적으로 돌려받아요. 다만 부가가치세법 제39조는 돌려받지 못하는 매입세액을 한정해 열거하고 있어요. 세금계산서를 못 받은 거래, 사업과 무관한 지출, 비영업용 소형승용차, 기업업무추진비, 면세·토지 관련 지출, 사업자등록 전 매입세액이 대표적이에요. 아래에서 항목별로 정리해볼게요.

매입세액 공제는 어떤 원리인가요?

부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액이에요. 국세청 안내에 따르면 일반과세자는 매입세금계산서상의 세액을 전액 공제받을 수 있어요(제39조 불공제 항목은 제외). 그래서 어떤 매입세액이 공제되고 안 되는지가 실제 납부액을 좌우해요.

핵심은 간단해요. 공제되는 매입세액이 많을수록 납부세액이 줄고, 불공제되는 매입세액이 있으면 그만큼 납부세액이 늘어나요. 예를 들어 매출세액이 같아도 승용차 유지비를 공제되는 걸로 착각해 신고했다가 나중에 걸리면, 그 세액을 다시 토해내고 가산세까지 붙을 수 있어요.

공제 안 되는 매입세액은 어떤 것들인가요?

부가가치세법 제39조 제1항은 제38조에도 불구하고 공제하지 않는 매입세액을 각 호로 정하고 있어요. 2026년 현행 조문 기준으로 정리하면 이래요.

불공제 항목	근거	대표 사례
세금계산서 미수취·부실기재	제1호·제2호	합계표 미제출, 세금계산서 미발급, 필요적 기재사항 누락·허위
사업과 직접 관련 없는 지출	제4호	개인 본인 식대 등 사회통념상 사업 무관 지출
비영업용 소형승용차 구입·임차·유지	제5호	개별소비세 대상 승용차의 구입·렌트·유류비·수리비
기업업무추진비(접대비) 관련	제6호	거래처 접대·선물 등 유사 비용
면세사업·토지 관련	제7호	면세사업 관련 매입, 토지 취득·조성 관련 중개수수료·철거비
사업자등록 신청 전 매입세액	제8호	등록 신청 이전 시점의 매입(단서 소급 예외 있음)

여기서 짚어둘 점은 적격증빙이 있어도 이 항목에 해당하면 공제되지 않는다는 거예요. 세금계산서를 꼬박꼬박 받았어도 그 지출이 접대비이거나 비영업용 승용차 유지비라면 매출세액에서 뺄 수 없어요. 참고로 구 명칭이던 ‘접대비’는 세법 개정으로 ‘기업업무추진비’로 바뀌었어요.

항목마다 예외나 유의할 점이 있나요?

불공제 항목이라도 무조건 닫혀 있는 건 아니에요. 조문에 단서와 예외가 함께 담겨 있어요.

• 사업자등록 전 매입세액(제8호 단서): 원칙은 불공제지만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청하면 등록신청일부터 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 매입세액은 공제받을 수 있어요. 개업 준비 지출이 있다면 등록 신청 시점을 챙겨두세요.
• 차량 종류·용도별 예외(제5호 단서): 불공제 대상은 개별소비세가 붙는 소형승용차예요. 운수업·자동차판매업 등에서 직접 영업으로 쓰는 차량, 개별소비세가 붙지 않는 화물차·경차·9인승 이상 승합차 등은 공제가 가능해요. 구체 배기량·인승 기준은 개별소비세법·시행령으로 별도 확인이 필요해요.
• 면세·토지 관련(제7호): 면세사업을 위한 투자 관련 매입세액도 포함해 공제 대상이 아니에요. 토지 관련 매입세액의 상세 범위는 대통령령(시행령)에서 정해요.

간이과세자·면세사업자는 어떻게 다른가요?

사업자 유형에 따라 매입세액을 다루는 방식이 달라요.

구분	매입세액 처리 방식
일반과세자	매입세금계산서상 세액 전액 공제(제39조 불공제 항목 제외)
간이과세자	매입액(공급대가)의 0.5%에 해당하는 금액만 공제
면세사업자	면세사업 관련 매입세액은 제39조 제7호로 공제 대상 아님(원가에 반영)

간이과세자는 일반과세자처럼 전액 공제가 아니라 공급대가의 0.5%만 공제되는 점을 기억해두세요. 면세사업자는 부가가치세 납세의무 자체가 없어서, 부담한 매입 부가세를 공제받지 못하고 그대로 원가에 얹는 구조예요. 신고 유형과 기한이 헷갈린다면 부가가치세 신고 기간과 간이과세 정리도 함께 참고해보세요.

증빙만 있으면 무조건 공제되나요?

공제의 출발점은 적격증빙이에요. 국세청 Q&A에 따르면 세금계산서·매입자발행세금계산서·신용카드매출전표·현금영수증 같은 적격증빙을 받지 않고 일반영수증만 있으면 매입세액으로 공제받을 수 없어요. 신용카드매출전표나 현금영수증도 사업 관련 지출이고 공급자가 일반과세자인 경우 등 요건을 충족하면 세금계산서에 준해 공제가 가능해요.

다만 앞서 본 대로 증빙이 있어도 제39조 불공제 항목이면 공제되지 않아요. 즉 (1) 적격증빙을 갖췄는가, (2) 제39조 불공제 항목이 아닌가, 이 두 관문을 모두 통과해야 매출세액에서 뺄 수 있어요. 세금계산서 발급 의무가 궁금하다면 전자세금계산서 의무발급 대상과 가산세도 살펴보면 도움이 돼요.

계산 예시로 보는 불공제의 영향

한 분기 동안 매출세액이 300만원, 매입 관련 부가세가 총 200만원 나왔다고 가정해볼게요. 이 중 승용차 유지비와 거래처 접대비로 부담한 부가세 50만원이 제39조 불공제 항목이라면 이렇게 계산돼요.

1. 총 매입세액 200만원 가운데 불공제 50만원을 제외해요.
2. 공제 가능한 매입세액 = 200만원 − 50만원 = 150만원
3. 납부세액 = 매출세액 300만원 − 공제 매입세액 150만원 = 150만원

만약 불공제 50만원을 공제되는 걸로 잘못 신고했다면 납부세액을 100만원으로 줄여 신고한 셈이 되고, 이후 확인 과정에서 차액 50만원과 가산세를 추가로 부담할 수 있어요. 경계가 애매한 지출은 개별 사안별로 세무 전문가나 관할 세무서에 확인하는 게 안전해요.

흔한 오해 바로잡기

• “사업 관련 지출이면 다 공제된다”: 적격증빙을 갖춰도 사업과 직접 관련 없는 지출, 기업업무추진비, 비영업용 소형승용차, 면세·토지 관련 매입세액은 제39조에 따라 공제되지 않아요. 증빙과 항목, 두 가지를 함께 봐야 해요.
• “차량 구입·유지비는 무조건 불공제다”: 불공제 대상은 개별소비세가 붙는 비영업용 소형승용차예요. 직접 영업용 차량이나 화물차·경차·9인승 이상 승합차 등은 공제가 가능해요.
• “등록 전에 산 물건 부가세는 무조건 못 받는다”: 원칙은 불공제지만, 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 20일 이내에 등록을 신청하면 소급 공제가 인정돼요.